Второй сезон исторического сериала "Годунов" повествует о начале правления царя и о трудностях, с которыми он столкнулся в этом период. Государство погрузилось в смутные, мрачные времена. Всюду царит хаос и разруха. Борис Годунов, чтобы расположить к себе народ и знатных господ пообещал провести реформы, чтобы наконец-то все зажили счастливо. Но, по воле судьбы и неверной политики на Российскую империю обрушился страшный голод, болезни и беды. Началась сильная инфляция и повышение цен на продовольствие.

Со временем появляется молва, о том, что якобы предыдущий правитель жив. С этих пор власть начинают делить всякие проходимцы. На российский престол претендует самозванец, который воинственно настроен заполучить власть любой ценой. Он даже намеревался заручиться поддержкой матери убиенного царевича. Но правительству удалось отбить атаку.