После получения «Приказа 66» клонами джедаи находятся в смертельной опасности, так как их хотят полностью уничтожить. В свое время они были союзниками, но в итоге превратились в заклятых врагов. Многие джедаи погибли. Напомним, что четвертый эпизод «Звездных войн» начался с показа мира, в котором отсутствовали джедаи.

У некоторых клонов «Приказ 66» вызвал сомнения, поэтому они решили его не выполнять. В частности, речь идет о бойцах экспериментального «Отряда 99», которые были модифицированы. На них приказ не возымел никакого практического воздействия. Эти клоны отправились в места, где зарождалась Империя.